三大争议焦点
二审中，上海高院、搜狗公司和两百度公司对百度输入法软件进行了相关测试，天熙公司未向上海高院提交答辩意见及新证据，搜狗公司和两百度公司则围绕三大争议焦点进行了激烈的辩论。
第一，百度输入法软件是否落入涉案专利权保护范围？
搜狗公司认为，自己是“一种用户词参与智能组词输入的方法及一种输入法系统”发明专利的专利权人，该专利权利要求1的主题名称是“一种建立用户多元库的方法”，百度输入法软件具有相同的技术特征。一审法院还错误解释了专利权利要求1中“具有相邻关系的用户字词对”的技术特征，搜狗公司提供的实验测试结果显示，百度输入法软件不只存储了整词，也存储了二元词对，并在组词过程中调用了二元词对。
至于“所述用户字词对在所述用户输入时相邻出现的概率”这句话的理解，搜狗公司认为概率是可能性，在观察次数充分大的情况下，可以把频次作为概率。所以，从词出现的可能性角度来说，“词频”和“概率”属于等同的技术特征。
两百度公司认为，一审法院认定事实清楚，百度输入法软件存储的是整词，不存储有相邻关系的用户字词对，不存在用户多元库，其是一种建立用户词库的方法。
专利中所述的概率指的是用户二元库中存储用户字词对在用户输入时相邻出现的概率，并且该概率的计算方式是T(A,B)/SUMBI，而不是泛指所有概率。百度输入法软件仅统计了用户词被输入的次数，没有统计用户词出现的概率。“词频”与“概率”属于既不相同也不等同的技术手段。
第二，一审法院的举证责任分配是否合理？
搜狗公司认为，其在庭上的实验测试结果表明，百度输入法软件不只存储了整词，也存储了二元词对，并在组词中调用了二元词对，所以搜狗公司已经从百度输入法软件的操作现象和功能上证明了百度输入法软件实现了涉案专利所实现的技术效果，举证责任应当转移至两百度公司。现在，两百度公司没有提交证据证明百度输入法软件采用了不同于涉案专利保护的技术方案去实现专利所要实现的技术效果，应当承担不利法律后果。
两百度公司认为，其针对搜狗公司的每一个实验都有反驳和实验，也提供了验证实验和源代码以证实百度输入法软件没有落入涉案专利权保护范围，已经尽己所能举出了所有证据，搜狗公司的主张不能成立。
第三，一审法院是否妨碍了搜狗公司举证质证权利？
搜狗公司认为，一审中，两百度公司以涉及技术秘密为由要求不公开审理，法院不经审查该主张是否成立，便径直按照两百度公司要求，在诉讼过程中，仅限搜狗公司代理人当庭阅看两百度公司提供的证据、反驳实验及具体反驳理由，不允许搜狗公司员工以及技术人员阅读《百度输入法用户库实现方式及抗辩理由说明》等，以致搜狗公司难以完全理解两百度公司提供的证据、反证实验及具体反驳理由。
在对百度输入法软件程序源代码进行勘验时，一审法院只允许搜狗公司委托的律师事务所员工以委托诉讼代理人或者专家辅助人身份在短时间内观看被上诉人的演示，不允许搜狗公司员工（以专家辅助人身份）观看演示，严重损害了搜狗公司对证据的质证权利和针对性地对两百度公司主张进行反驳的权利。
此外，一审法院只按照两百度公司事前提供的《关于现场勘验方案的说明》进行片面勘验，限制了搜狗公司获知两百度公司提供证据的权利。
两百度公司则认为，其相关抗辩意见及说明包含百度输入法软件的设计理念及实现方式，一审法院已给予搜狗公司足够的时间和机会对相关材料进行阅看，对相关证据进行质证。
同时，源代码勘验是在法官、技术调查官、鉴定专家及搜狗公司、两百度公司均在场的情况下进行的。百度输入法软件源代码涉及两百度公司的核心商业秘密，一审法院认为不应直接披露给搜狗公司，但一审法院给予搜狗公司足够的时间对百度输入法软件的实现方式进行阅看和研究，搜狗公司完全有机会和时间对百度输入法软件源代码勘验发表质证意见，所以，搜狗公司相关质证权利受到损害的主张不能成立。
